El Comté se produce tradicionalmente desde 1952 en Jura, donde las granjas aportan su leche a las fruitières o cooperativas queseras. La leche se obtiene de vacas de razas exclusivamente locales: Montbéliarde o Rojo Sueco del Este, que pacen la variadísima flora del macizo de Jura, produciendo una leche rica en aromas.
Existen distintos periodos de fabricación del Comté. De mayo a octubre, cuando las vacas están en el pasto alpino, se dice que el Comté es de pasta amarilla. En cambio, de noviembre a marzo, la leche de heno da una pasta más blanca. El inicio del otoño (septiembre-octubre) es, por lo tanto, el periodo ideal para la fabricación del Comté.
La preparación dura 120 días como mínimo, tiempo durante el cual el producto es « girado » y « frotado » con regularidad. La dureza de los largos inviernos del macizo del Jura es la que, desde la Edad Media, obliga a los hombres a transformar la leche en un queso « para guardar », el futuro Comté. ¡Sólo los quesos de gran tamaño, de pasta prensada cocida, permiten una conservación susceptible de responder a las necesidades de una familia entera durante toda la estación fría!